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专利号: 2017100640694
申请人: 华南农业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖体RNA,其特征在于,所述核糖体RNA的全长cDNA序列如SEQ.ID.NO1所示。

2.根据权利要求1所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖体RNA,其特征在于,所述核糖体RNA由18SrRNA、ITS1、5.8SrRNA、ITS2、28SrRNA组成;所述18SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1~1726碱基序列所示;所示ITS1的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1727~1876,所述5.8SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1877~

2034,所述ITS2的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第2035~2183,所述28SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第2184~5469。

3.权利要求1或2所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖体RNA序列在定量检测桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的应用。

4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述应用的方法包括以下步骤:S1.收集桑树病叶;

S2.提取桑树病叶的总DNA;

S3.IlluminaDNA文库构建;

S4.Illumina高通量测序;

S5.去除测序数据中桑树基因组序列;

S6.组装微生物基因组序列;

S7.组装完整核糖体DNA序列

S8.对比分析核糖体DNA序列;

步骤S3所述IlluminaDNA文库构建的方法为:依照Illumina文库构建流程,将所述步骤S2中所述总DNA构建为片段大小500bp的双末端高通量测序文库;

步骤S8所述对比分析核糖体DNA序列的方法为:使用序列比对分析软件,将步骤S7所述完整核糖体DNA序列与桑树污叶病/黑斑病病原菌rRNA的全长cDNA序列进行比对。

5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,步骤S5所述去除测序数据中桑树基因组序列的方法为:利用比对软件对步骤S4中所述高通量测序数据进行数据比对分析,选择比对算法,将所述测序数据与桑树参考基因组进行比对,并将比对上参考基因组的所述测序数据判定为桑树基因组序列,使用编写的计算机程序从所述测序数据中去除桑树基因组序列;

S5所述去除测序数据中桑树基因组序列选用的参考基因组序列为:

桑属川桑Morusnotabilis全基因组序列GCA_000414095.2和叶绿体基因组序列NC_

027110.1;

步骤S6所述组装微生物基因组序列的方法为:使用组装软件对步骤S5得到的已去除桑树基因组序列的测序数据进行组装;

步骤S7所述组装完整核糖体DNA序列的方法为:采用比对软件,对所述组装序列进行比对,根据比对结果从测序数据中获取双末端测序片段,使用组装软件对序列进行组装和延伸,经多个循环操作,直至获得完整的核糖体DNA序列。

6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,步骤S5所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件;步骤S5所述比对算法为mem比对算法;步骤S5所述将测序数据与桑树参考基因组进行比对是双末端比对方法和bwa0.7.12-r1039软件的默认参数;步骤S5所述编写的计算机程序用python计算机语言编写;步骤S6所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01;步骤S7所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件;步骤S7所述比对方法采用无错配0mismatch和无断裂0gap比对;步骤S7所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01软件。

7.权利要求1或2所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖体RNA序列在真菌种属分类方面的应用。