1.一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)镜下观察培养基中细胞融合度长到70%‑80%,此时细胞状态良好;
2)在培养基中加入甲醛,使细胞在甲醛中固定,涡旋培养皿使甲醛在培养基中混匀,室温下静置10min;
3)在每个培养皿中加入10×Glycine,旋转混匀,在室温下孵育5min,淬灭未反应的甲醛;
4)弃去培养基后在培养皿中加入在0‑4℃下预冷的PBS缓冲液,洗涤细胞,重复漂洗两次,每次均小心抽吸,除去尽可能多的PBS缓冲液,不得打乱细胞;
5)在每个培养皿中加入含1×PICⅡ的0‑4℃下预冷的PBS缓冲液,使用无菌细胞刮棒从每个培养皿中收集细胞,收集到离心管中;
6)在4℃下按800×g离心5min,使细胞沉淀,小心移除上清;
7)使细胞再悬浮于含1×PICⅡ的细胞裂解缓冲液中,在冰上孵育15min,孵育过程中每
5min涡旋混匀一次;
8)在4℃下按800×g离心5min,去除上清,重悬细胞沉淀于含1×PICⅡ的细胞裂解缓冲液中,获得裂解产物;
9)将裂解产物两等分置于EP管中,其中一份加入BPDE的DMSO溶液作为实验组,另外一份加入等体积的DMSO溶液作为对照组,37℃孵育过夜;
10)使用超声破碎仪进行超声处理;
11)在4℃下按12000×g离心10min,除去不溶性物质,将实验组和对照组的剪切染色质分别移至新的EP管中;
12)剪切染色质中分别加入含1×PICⅡ的ChIP稀释缓冲液,从实验组和对照组中分别取2vol%上清液作为input,在4℃下保存;
13)在余下的实验组和对照组中均加入Anti‑BPDE Monoclonal Antibody,在4℃下恒温摇床孵育过夜;
14)混匀ChIP‑Grade Protein A/G磁珠,使磁珠完全悬浮,加入至实验组、对照组和两份input中,封口膜封闭,在4℃下孵育2h;
15)将实验组、对照组和两份input的EP管置于磁性分离架上,ChIP‑Grade Protein A/G磁珠吸附至管壁,静置3min,移除上清;
16)按以下列出的顺序,分别将磁珠悬浮于每种在0‑4℃下预冷的缓冲液,并分别在4℃的恒温摇床上孵育5min,然后分别进行磁分离,移除上清,洗涤Grade Protein A/G磁珠‑染色质复合物:a.低盐洗涤缓冲液,洗涤一次;
b.高盐洗涤缓冲液,洗涤一次;
c.LiCl洗涤缓冲液,洗涤一次;
d.TE缓冲液,洗涤一次;
17)在实验组、对照组和两份input的EP管中分别加入ChIP Elution Buffer;
18)实验组、对照组和两份input的EP管在62℃水浴震荡孵育2h,95℃培养10min,实验组和对照组的染色质从ChIP‑Grade Protein A/G磁珠上洗脱下来,冷却至室温;
19)实验组和对照组的EP管置于磁性分离架,静置3min,ChIP‑Grade Protein A/G磁珠吸附至管壁,将上清液转移至新的EP管中,分别标记;
20)在实验组、对照组和两份input的EP管中分别加入DNA Binding Buffer,涡旋混匀;
21)转移至带接收管的离心过滤器中,12000×g离心30s,从接收管中取出离心过滤器,保留接收管,弃去液体,离心过滤器放回到同一接收管中;
22)加入Wash Buffer,12000×g离心30s,从接收管中取出离心过滤器,保留接收管,弃去液体,离心过滤器放回到同一接收管中;12000×g再次离心30s,弃去接收管和液体;
23)放入新的接收管,把DNA Elution Buffer直接加到白色离心过滤器膜的中心,
12000×g离心30s,取出并弃去离心过滤器,此时的洗脱缓冲液为纯化DNA;
24)检测实验组、对照组和两份input的纯化DNA的浓度及纯度,进行高通量测序,若对照组未检出DNA浓度,实验组去除实验组对应的input本底值后所得的基因,即BPDE加合基因;若对照组检出DNA浓度,实验组去除对照组后所得的基因,即BPDE加合基因。
2.根据权利要求1所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,完成步骤9)后,分别取实验组和对照组的部分裂解产物进行DNA琼脂糖凝胶分析,完成步骤11)后,分别取实验组和对照组的剪切染色质进行DNA琼脂糖凝胶分析,于凝胶成像系统下观察条带,若条带宽度为100‑500bp,继续进行步骤12)。
3.根据权利要求1所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,完成步骤11)后,分别测定实验组和对照组的经超声处理的裂解产物的DNA浓度,若DNA浓度在50μg/mL以上,继续进行步骤12)。
4.根据权利要求1所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,在步骤11)中,除去不溶性物质后,将实验组和对照组的剪切染色质分别移至三个新的EP管中。
5.根据权利要求4所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,实验组的三个新的EP管分别为实验组试验管、实验组阴性对照管和实验组阳性对照管,对照组的三个新的EP管分别为对照组试验管、对照组阴性对照管和对照组阳性对照管;在步骤12)中,两份input分别取自实验组试验管和对照组试验管。
6.根据权利要求5所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,Anti‑BPDE Monoclonal Antibody分别加入至实验组试验管和对照组试验管中,实验组阴性对照管和对照组阴性对照管中分别加入Normal Mouse IgG,实验组阳性对照管和对照组阳性对照管分别加入Anti‑RNA polymerase Ⅱ Antibody,均在4℃下恒温摇床孵育过夜,然后均进行步骤14)至23)。
7.根据权利要求6所述的一种BPDE加合基因的鉴定方法,其特征在于,实验组阴性对照管、实验组阳性对照管、实验组对应的input、对照组阴性对照管、对照组阳性对照管以及对照组对应的input中的部分纯化DNA均进行PCR扩增,若在166bp处获得条带,则说明ChIP质控良好,继续进行步骤24)。