1.一种检测全基因组的单链DNA损伤的方法，它包括如下步骤：

1)使用交联剂进行交联以捕获内源性的单链断裂；

2)把染色质碎片化，使3’-OH缺失的片段无法用TdT加尾；

3)经过核酸酶灭活后，细胞核进一步进行蛋白酶K处理以及交联逆转，分离获得基因组DNA；

4)对纯化后的核酸片段进行加尾，加尾后的基因组DNA直接用于SMS；采用三代测序仪平台测序，获得单链DNA损伤位点。

2.根据权利要求1所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤1)中，所述的交联剂包括甲醛。

3.根据权利要求2所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤1)中，采用的甲醛的浓度范围为0.5％-2％。

4.根据权利要求1或2所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤1)中，交联时间为5-15min。

5.根据权利要求1所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：碎片化采用核酸酶。

6.根据权利要求5所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤5)中，所用的核酸酶为MNase。

7.根据权利要求5或6所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于，步骤2)中，核酸酶处理直接在交联细胞分离出的细胞核上进行，直到大部分的基因组DNA在150-500个碱基对范围内。

8.根据权利要求1所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤3)中，交联逆转，使得蛋白和DNA分离，并去除里面的RNA。

9.根据权利要求1所述的一种检测全基因组的SSBs的方法，其特征在于：步骤4)中，首先，通过上述Helisphere程序包，过滤出长度≥25碱基的高测序质量的SMS reads；第二，剩余的数据通过indexDPgenomic软件比对到GRCh37/hg19人类基因组；唯一比对或者多位点比对结果的reads将被保留；

第三，比对至参考基因组中富含PolyA的Reads被去除；由单链比对结果推断对应损伤链的序列，SSB单链富集polyA区域由单链富集polyT区域体现；5’上游序列20碱基中T’部分的比对结果>40％从后续分析中去除。