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专利号: 2017114183529
申请人: 华南农业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种应用RNA-seq技术研究弓形虫慢性感染小鼠附睾组织差异表达基因的方法,其特征在于,包含以下步骤:(1)小鼠附睾组织的RNA提取;

(2)对步骤(1)所得的RNA进行文库构建和测序;

(3)对步骤(2)测序结果进行生物信息学分析,获取弓形虫慢性感染小鼠附睾组织的差异表达基因。

2.如权利要求1所述的应用RNA-seq技术研究弓形虫慢性感染小鼠附睾组织差异表达基因的方法,其特征在于,步骤(1)中,小鼠包括昆明鼠、Balb/c鼠、沙鼠中的一种或多种。

3.如权利要求1所述的应用RNA-seq技术研究弓形虫慢性感染小鼠附睾组织差异表达基因的方法,其特征在于,步骤(3)中所述的差异表达基因包括8个与生殖密切相关的基因,其中6个基因表达上调,记为第一检测靶标组,所述第一检测靶标组包括Piwil2、Spata18、Tnfsf10、Tgtp1、Iigp1、Pgk2,2个基因表达下调,记为第二检测靶标组,所述第二检测靶标组包括Nwd1、Spink2。

4.如权利要求1步骤(3)所述的生物信息学分析,其特征在于,所述的生物信息学分析包括以下步骤:

1)对测序原始数据进行质控,去除带接头的、ploy-N和测序引物的低质量reads,同时计算Q20、Q30、GC含量和clean reads的序列重复性,获得高质量clean reads;

2)使用序列组装程序对clean reads进行拼接,得到的转录本序列;

3)比对到数据库进行基因功能注释;

4)基因表达水平分析和差异表达基因分析,获得差异表达基因;

5)差异表达基因的Gene Ontology(GO)功能分析;

6)差异表达基因的生物通路(KEGG)功能分析。

5.如权利要求4所述的生物信息分析,其特征在于,所述的步骤4)包括:用DEGseq程序中的MARS模型计算每个基因的RPKM值,若RPKM值大于1000,认为是高表达基因,变化倍数(log2RPKM-PRU/RPKM-Control)根据标准化的基因表达水平,统计基因的差异表达情况,筛选出的基因为显著差异表达基因。

6.如权利要求4所述的生物信息学分析,其特征在于,所述的步骤4)获取弓形虫慢性感染小鼠附睾组织的差异表达基因不低于422个,其中,表达上调的基因不低于357个,表达下调的基因不低于65个。

7.一种弓形虫感染宿主的检测方法,其特征在于,所述的检测方法以弓形虫感染宿主附睾组织差异表达基因为检测靶标,所述的差异表达基因包括8个与生殖密切相关的基因,其中6个基因表达上调,记为第一检测靶标组,所述第一检测靶标组包括Piwil2、Spata18、Tnfsf10、Tgtp1、Iigp1、Pgk2,2个基因表达下调,记为第二检测靶标组,所述第二检测靶标组包括Nwd1、Spink2;

当所述所述第一检测靶标组的至少一个表达上调,且/或第二检测靶标组的至少一个表达下调时,判断雄性宿主生殖系统感染弓形虫。

8.如权利要求7所述的弓形虫感染宿主的检测方法,其特征在于,所述的检测方法采用荧光定量PCR方法结合特异性引物对感染弓形虫的宿主附睾组织进行检测;所述的特异性引物的序列包括表6中SEQ ID NO:1~16所示。

9.如权利要求1所述的应用RNA-seq技术研究弓形虫慢性感染小鼠附睾组织差异表达基因的方法、如权利要求7所述的弓形虫感染宿主的检测方法在制备弓形虫慢性感染关联信号通路生物标志物或诊断试剂中的应用,其中,所述信号通路包括细胞凋亡通路、糖酵解通路、MAPK信号通路、细胞因子和细胞因子受体相互作用通路、胞吞通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路、吞噬体通路、细胞粘附分子通路中的一种或多种。

10.如权利要求1所述的应用RNA-seq技术研究弓形虫慢性感染小鼠附睾组织差异表达基因的方法、如权利要求7所述的弓形虫感染宿主的检测方法在制备弓形虫慢性感染关联疾病生物标志物、诊断试剂或靶向药物中的应用。