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专利号: 201810787841X
申请人: 广州大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2025-03-19
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法,靶基因mRNA受到多个miRNA的协同影响,且每个miRNA对一个靶基因mRNA的影响正比于该mRNA表达谱的差异,反比于所述miRNA所调控的靶基因mRNA的数量,其特征在于,量化方法包括以下步骤:①从数据库中下载miRNA靶基因数据,构建靶基因数据库;

②基因差异表达分析:同时获取癌组织和癌旁组织的mRNA表达谱数据,根据mRNA表达谱数据,使用软件包计算每个基因对应的经过校正的p值,校正后的p值小于0.05的基因即为差异表达基因;

③计算miRNA表达变化矩阵(ΔEmiR):根据miRNA表达谱数据,计算表达值变化矩阵ΔEmiR=Ed-En,其中Ed指的是疾病组表达谱中的miRNA的表达值,而En则指的是正常对照组中的miRNA的表达值;计算mRNA表达变化矩阵(ΔEGene):根据mRNA表达谱数据,计算表达值变化矩阵ΔEGene=Ed'-En',其中Ed'指的是疾病组表达谱中的mRNA的表达值,而En'则指的是正常对照组中的mRNA的表达值;

④根据miRNA表达变化矩阵及miRNA-mRNA的靶基因数据,计算多个miRNAs对同一个靶基因mRNA的协同效应ΔR, 其中ΔEmiR-i表示miR-i表达值的变化大小,ni表示miR-i靶基因数量,Mj表示能够靶向mRNAj的所有miRNAs的集合;

⑤计算mRNA表达变化矩阵ΔEGene与ΔR之间的皮尔森相关系数,获得皮尔森相关系数的显著性小于0.05的基因;

⑥计算每一个miRNA对相应靶基因mRNA的贡献Cij, 其中ΔEmiR-i表示

miR-i表达值的变化大小,ni表示miR-i靶基因数量,Mj表示能够靶向mRNAj的所有miRNAs的集合。

2.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法,其特征在于:步骤①所述的数据库,包括有miRTarbase7.0数据库。

3.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法,其特征在于:步骤②中所述的软件包包括有Deseq2R软件包。

4.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法,其特征在于:步骤⑤中所述的miRNAs对靶基因mRNA的协同效应与该靶基因mRNA表达水平的变化呈负相关的关系。