1.鉴别甘薯染色体的两个DNA重复序列,其特征在于,序列1具有SEQ NO:1所示的核苷酸序列,序列2具有SEQ NO:2所示的核苷酸序列。
2.一种利用权利要求1所述DNA重复序列鉴别甘薯染色体的荧光原位杂交方法,其特征在于,质粒DNA提取后,通过缺刻平移法,用生物素标记的Itf_1和用地高辛标记的Itf_2,形成Itf_1和Itf_2探针,用于对甘薯染色体的鉴别,具体步骤包括:
1)染色体片的制备
按常规植物材料培养,待植株根尖长至0.5-1cm时,切下生长旺盛的根尖,经8-羟基喹啉在25℃下处理2h后,用卡诺氏固定液固定24h;去离子水冲洗浸泡30min,充分洗去固定液;用含2%纤维素酶和1%果胶酶的纤维素果胶酶在37℃酶解1-2h;去离子水冲洗浸泡
30min,充分洗去酶液;取1-2根尖于干净玻片上,用镊子尖端敲碎根尖,悬空滴加卡诺氏固定液使其充分散开,酒精灯上烤一下,晾干;镜检,选择分散良好的染色体片-20℃保存;
2)荧光原位杂交
①烤片:杂交之前,将制好的片子置于65℃烘箱中干燥30-60min;
②杂交液的配制:取ssDNA4μL和Itf_1,Itf_2探针DNA各3μL,混匀后于65℃烘箱中烘至4μL,再加入70%去离子甲酰胺10μL、50%硫酸葡聚糖4μL、20×SSC 2μL混匀,封口膜封好备用;
③变性液的配制:取双蒸水20μL、20×SSC10μL、70%去离子甲酰胺70μL,混匀,封口膜封好备用;
④探针变性:取出烘箱中的染色体片,将烘箱升温至85℃,将上述变性液加于取出的载玻片上,加上盖玻片;85℃烘箱中变性2-4min;甩掉盖玻片,立即依次浸入-20℃70%、
95%、100%的冰乙醇中各5min;取出玻片,空气中干燥30min以上;
⑤杂交:将杂交液放入沸水中变性10min,迅速置于冰上冷却10min,加于上一步干燥后的载玻片上,盖上盖玻片,室温5-10min;置于80-85℃烘箱中变性2min,放入培养皿中,置于37℃培养箱中培养17-21h;
⑥杂交后洗脱:取出培养箱中的玻片,置于2×SSC中脱色摇床上室温洗脱2×5min;置于42℃2×SSC中洗脱10min;2×SSC中脱色摇床上再次洗脱5min;1×TNT中脱色摇床上洗脱5min,晾干;剪取和玻片大小吻合的封口膜,取出TNB室温融化;避光条件下,取一个
1.5μL的EP管,加入100μL TNB,1μL Bio,0.5μL Dig抗体,混匀,取100μL加于晾干的玻片上,盖上封口膜,置于37℃培养箱中培养1h;取出玻片,置于1×TNT中脱色摇床上洗脱
3×5min;晾干玻片5-10min;
3)信号检测
加13μL DAPI,盖上盖玻片,晾干,封片,置于荧光显微镜下,根据制片坐标确定目标染色体,对染色体进行拍照,然后依次转换滤光片,分别对两个探针的杂交信号进行拍照;
4)二次杂交
①洗片:揭掉第一次杂交的盖玻片,将载玻片置于2×SSC溶液中脱色摇床上洗脱
2×5min;置于2×SSC溶液中脱色摇床上再次洗脱2×10min;然后依次浸入70%、95%、
100%的乙醇中脱色摇床上室温洗脱各5min;置于卡诺氏固定液中固定5min,取出玻片,晾干,充分曝光2-3天;
②荧光原位杂交:用45S,5S rDNA探针进行第二次荧光原位杂交,杂交过程同步骤2,再分别对两个探针的杂交信号进行拍照;采用成像系统分析软件将染色体和杂交信号进行图像合成,用图像处理软件对图像进行调整。
3.根据权利要求2所述的鉴别甘薯染色体的荧光原位杂交方法,其特征在于,所述Itf_1探针是这样获得的:根据SEQ NO:1所示的核苷酸序列设计引物扩增待测模板,所述引物为,上游引物:5’-TTCCCGATGCGTGGAGTT-3’,下游引物:5’-CTCCATTGCGGTTGTCTTA-3’,采用PCR法合成生物素标记的核苷酸序列如SEQ NO:1所示的探针,得到Itf_1探针;
所述Itf_2探针是这样获得的:根据SEQ NO:2所示的核苷酸序列设计引物扩增待测模板,所述引物为,上游引物:5’-CCCCACCTTCAACCAACT-3’,下游引物:
5’-GCAGCGGTTAGGAGGTGA-3’,采用PCR法合成地高辛标记的核苷酸序列如SEQ NO:2所示的探针,得到Itf_2探针。
4.根据权利要求2或3所述的鉴别甘薯染色体的荧光原位杂交方法,其特征在于,所述卡诺氏固定液是由3份无水乙醇和1份冰醋酸配制而成。
5.根据权利要求2或3所述的鉴别甘薯染色体的荧光原位杂交方法,其特征在于,所述荧光原位杂交步骤④中,探针在85℃烘箱中变性3min。